با وجود فواید رفتن کودک به مهد و یا پیش دبستانی اما عدم نظارت و کنترل دقیق بهداشت (بهداشت کودکان) از سوی مربیان مهد باعث ابتلای کودکان به انواع بیماری ها می‌شود.
از جمله این نکات مهم می‌توان به نظارت بر تمیز بودن وسایل، شستشوی منظم دست کودکان، جدا کردن کودکان بیماری از سایر کودکان و توصیه به نگهداری کودک بیمار در منزل تا زمان بهبود بیماری، اطلاع به خانواده ها در صورت بروز یک بیماری مسری در مهد کودک، ضد عفونی هوا و نظارت بر دستگاه تهویه، استفاده از مشاوره پزشک برای کنترل سلامت کودکان به صورت دوره ای، استفاده از مواد غذایی مناسب و دارای ویتامین و مواد مغذی برای تقویت سیستم ایمنی کودکان اشاره کرد.
کارشناسان در کشور انگلستان با نمونه برداری از سطوح این وسایل به ویژه اسباب بازی ها در برخی مهد کودک‌های این کشور میزان باکتری و میکروب ها را 15 برابر بیشتر از حد عادی و مجاز اندازه گیری کرده اند. (بهداشت کودکان)
کارشناسان هشدار می دهند با توجه به نزدیک بودن فاصله کودکان به هم در اماکن عمومی و انتقال راحت و بی دردسر میکروب ها و باکتری ها رعایت نکاتی را ضروری خوانده‌اند.
کارشناسان هشدار می دهند عدم توجه به بهداشت و ضدعفونی دقیق و مستمر وسایل، اسباب بازی ها و نیز میز و صندلی در مهد کودک ها و پیش دبستانی ها باعث ابتلای کودکان به انواع بیماری های واگیردار به ویژه در طول فصول سرد سال می‌شود.
از جمله بیماری های همه گیر که در مهد کودک ها شایع است می توان به آبله مرغان، سرماخوردگی، آنفلوآنزا، اسهال و استفراغ، عفونت مجاری اداری و انگل های گوارشی را نام برد.
